La Comisión de Calidad de las Aguas, del Plan de Recuperación del Júcar, se plantea como un elemento de apoyo a la toma de decisiones para el establecimiento de programas de medidas como establece la Directiva Marco del Agua; para alcanzar el buen estado ecológico de las masas de agua establecidas a lo largo del río y sus afluentes.
Para la concreción de los citados programas de medidas, se debería partir de un análisis exhaustivo de la situación actual, de la concreción de los ámbitos degradados, de la determinación de las causas, etc. Los mismos, se enmarcarán dentro de transversalidades con el resto de Comisiones, para alcanzar el objetivo global de consecución del buen estado ecológico.